2019年6月24日，学校常委会经研究决定：建设期，李政道研究所为学校直属单位、建立中共上海交通大学李政道研究所直属支部委员会。
2023年7月14日，学校常委会经研究决定：建立中共上海交通大学李政道研究所总支部委员会，撤销中共上海交通大学李政道研究所直属支部委员会，其原干部职务自然更替。
李政道研究所党总支部（以下简称“李所党总支”）坚持党的全面领导，强化政治引领、筑牢政治本色、注重统筹协调，以系统思维推动党建工作和业务工作深度融合，坚持围绕中心抓党建、抓好党建促业务，把党的治理能力优势转化为科技服务优势。
李所党总支下设4个党支部：天文与天体物理党支部、凝聚态物理党支部、粒子与核物理党支部、研究生党支部。截至2025年3月，李所党总支共有党员93人，其中教工党员 46人、学生党员 47人。
