2019年6月24日,学校常委会经研究决定:建设期,李政道研究所为学校直属单位、建立中共上海交通大学李政道研究所直属支部委员会。
2023年7月14日,学校常委会经研究决定:建立中共上海交通大学李政道研究所总支部委员会,撤销中共上海交通大学李政道研究所直属支部委员会,其原干部职务自然更替。
2025年6月11日,学校常委会经研究决定:建立中共上海交通大学李政道研究所委员会,撤销中共上海交通大学李政道研究所总支部委员会,其原干部职务自然更替。
李政道研究所党委(以下简称“李所党委”)坚持党的全面领导,强化政治引领、筑牢政治本色、注重统筹协调,以系统思维推动党建工作和业务工作深度融合,坚持围绕中心抓党建、抓好党建促业务,把党的治理能力优势转化为科技服务优势。
李所党委下设4个党支部:天文与天体物理党支部、凝聚态物理党支部、粒子与核物理党支部、研究生党支部。截至2025年6月,李所党委共有党员103人,其中教工党员 53人、学生党员 50人。